Peamine Baltic Horizon Fondiga seonduvaid põhimõtteid, sh Fondi haldamist ja juhtimist kirjeldav juhenddokument on „Baltic Horizon Fondi tingimused“. Eesti FI kinnitas tingimused ja kontrollib neid regulaarselt.
Baltic Horizon Fondi juhtkond koosneb juhatusest ja nõukogust. Juhatus vastutab üldiselt Baltic Horizon Fundi igapäevategevuse eest. Nõukogu koosneb sõltumatutest isikutest (3 kuni 5 inimest), kelle ülesanne on teha järelevalvet juhatuse tegevuse üle.
Lisaks teeb juhatuse üle järelevalvet ja annab talle nõu fondivalitseja nõukogu.